Od 1944 do lutego 1946, jako "doktor Jan Baranowski", pełnił służbę w Ludowym Wojsku Polskim. Pomimo braku wykształcenia medycznego zajmował odpowiedzialne stanowiska służbowe w służbie zdrowia WP, awansując do stopnia podpułkownika. Od 3 grudnia 1944 był dowódcą 6 Samodzielnej Kompanii Pogotowia Chirurgicznego w 2 Armii WP, a 10 kwietnia 1945 został komendantem 29 Szpitala dla Lekko Rannych, a po zakończeniu wojny komendantem Szpitala Ministerstwa Obrony Narodowej w Warszawie. Razem z gen. Karolem Świerczewskim i Stanisławem Popławskim zasiadł w prezydium I Kongresu Medycyny Wojennej Wojsk Polskich i Sojuszniczych.