Teren Pustyni Błędowskiej był także wykorzystywany jako poligon wojskowy.

W czasie I wojny światowej ćwiczył tu batalion uzupełniający piechoty legionowej z Częstochowy. Stacjonując w Chechle od 11 do 15 listopada 1914 roku przez trzy dni ćwiczył intensywnie ostre strzelania. Były to jedyne ćwiczenia całego batalionu przed bitwą pod Krzywopłotami. W okersie międzywojennym pustynię wykorzystywała do ćwiczeń piechota i artyleria armii Kraków oraz lotnicy z 2 pułku lotniczego z Krakowa. Hitlerowcy przekształcili całą pustynię w doświadczalny poligon lotniczy bazy Udetfeld pod Siewierzem. Luftwaffe wypróbowywała tu różne rodzaje broni m.in. wojenne pociski latające (V1), pociski rakietowe (WGR), bomby kasetowe itp. Z tego okresu okresu, na południowej części pustyni, można zobaczyć żelbetowy schron obserwacyjny (zjdęcie obok) oraz murowany schron na Dąbrówce Kliknij, aby zobaczyć zdjęcie. Baza na Czubatce została wysadzona w powietrze przed ewakuacją załogi niemieckiej.

Także po wyzwoleniu pustynia wykorzystywana jest przez wojsko już od 1946 roku. Pierwsza była piechota ze środkami wsparcia, a po wywłaszczeniue w 1948 roku również lotnictwo myśliwskie. W tym okresie powstało stanowisko dowodzenia na Czubatce w Kluczach i schron obserwacyjny nad Białą Przemszą Kliknij, aby zobaczyć zdjęcie.